杨洪森虽不知英、
之间的协议，但是他知道中国被出卖了，在这个帝国主义横行的世界里，他的势力太小了，所以他希望能将苏南划入自己地盘，再用上半年时间，
并两湖、甚至两广就可能放到议题上去了。苏南的李纯不但不与杨洪森派去的交接，而且还派兵进入了上海，加强了制造局的守卫。
这个时候杨洪森当然不会袁世凯撕破脸。但是这个时候李纯找杨洪森的茬，那是找死，李纯并不知道杨洪森现正在火头上。
杨洪森将暗杀李纯的想法告诉了王亚樵，王亚樵亲自赶到南京布置工作。
李纯与段、冯沟通决心保住苏南这一“反杨”基地，可他知道自己的兵力不够，而且南京还在杨洪森手中。另外，总统已将上海划归给洪森。在上海的第2舰队还在北洋控制中，且制造局驻扎有一个团，为此他向上海又增派了一个团，这样在上海就形了两家各占一半的局面。可是这
怒了杨洪森。李纯为了牵制杨洪森强拉壮丁，征收重赋，到处摊牌，大那购械扩充兵马，一下子拉出二师一旅近四万人兵力。在两军
界处，双方时不时会暴发些小的冲突。上官云峰派人拿着袁总统电报接手上海军政大权，命令驻守在上海制造局部队移驻他地，双方发生纠纷，最终导致
火，其后海军奉命炮轰了进攻的皖军。上官云峰一纸电文报到杨洪森处。“娘西皮，李纯什么玩意，胆敢如此。”
一通谩骂之后，杨洪森开始调兵遣将，苏南形势越加紧张起来。
就在李纯与杨洪森剑拔弩张的时候，扬州传来消息，江苏都督李纯在家中遇袭身亡。据李家的人称，李将军新娶的小妾与其副官有染，李将军撞破他们
情的时候，
打死两人，拨
时被副官抢去，击中了面门，现在副官与小妾在逃。事实的经过就是这样，但是消息传到北方就变成了李将军在家中打牌中去上厕所，突然屋檐飞下几个黑衣人，开打死李将军，打死李将军的是大名鼎鼎联省军情处长王亚樵，李家人怕被灭口，不得已才说系小妾与李将军副官偷情，为李将军副官所害。当然关于李将军被杀的版本还有很多，但多数版本都是王亚樵杀死的，他或用刀，或用斧，或用，不管如何，在李纯死后皖军迅速进入苏南各地，李纯所征召的二师一旅并没有做像样的抵抗。张四维完全掌控苏南各地后，以**革命十大罪状将李将军治下的数名师长、旅长，抄家，提起公审，经军事法庭一审、二审判决**革命罪证成立，依法实施决。借着李纯遇刺，杨洪森在苏南进行大规模“肃正”大规模进行抓逮，绕过南京高等法院，通过军事委员会特别法庭，判决、
毙的人员近六千人。对上海制造局招降失败后，10月8杨洪森调第3舰队北上参战，由于数名舰长抵制，杨洪森解除他们职务，升任何儒林暂代舰队司令，第3舰队到达上海后即对第2舰队发起了进攻，第2舰队多为老式巡洋舰和炮艇，双方战中有3艘老式炮舰被击沉，另有数艘兵船、巡逻艇被击沉，十数艘舰船受伤，战后第2舰队并入第3舰队。第2舰队一战死亡3000人，接着第3舰队开始炮轰上海制造局，经过一天战，在海军的火力支援下，上官云峰攻入制造局，驻守在这里的两个团北洋军，报经军事革命委员会研究讨论，此次事件被定
为严重地武装军事叛
军，参加叛的分子一律决。杨洪森袭取苏南前后只用了10天，行动之迅速，杀伐之果敢，让北洋将领们看清了杨洪森的真面孔。
北洋对杨洪森苏南、上海两地“肃正”没有发表过多的言论。
接着杨洪森依据租界与政府签订的秘密协议，于10月10
调上海警备部队一个团以及青年团进入租界对叛分子进行抓捕。上海“双十肃正”上海租界内到处都能看到被决的“叛”分子活动中最为猖獗的当属“少年先锋团”这些14、15岁的少年，杀起人来最狠，他们身着土黄
长
和衬衫，左臂上带着红色黄十字带，每个都配有一把八响左轮，不管男女只按名单杀，他们的凶残连工董局都不敢过问。在租界的整个行动共持续15天，共抓捕，杀2000余人，其中包括逃入租界的北洋军人、密探、支持者、代理人以及革命叛徒、右翼分子等。杨洪森将这一系列行动表述为：“这是恢复国家秩序前所必经的阵痛。”
袁世凯对于杨洪森肃清苏南、上海的“国家敌人”表示感谢，虽然这种感谢言不由衷，但双方继续着表面的和平，杨洪森继续奉其为中国唯一的领袖，同时将五省上缴税款中的第一笔800万汇入了财政部在汇丰银行的账号中，袁世凯对此很满意。
对于杨洪森只要其拥护中央，按时
上指定的税赋这就足够，若要他做出大的让步是根本可能的，一味的强求只会导致战争，而袁世凯现在最担心就打仗。随着苏南、上海的平定，杨洪森将大本营由合肥迁至“六朝古都”南京。袁世凯听说此事后大为高兴，杨洪森一直待在合肥让他感觉其随时准备杀入中原与他争天下，而南京那可是个地方好，离上海又近，功成名就之后，理当好好享受享受。
当孙中山邀请其加入“反袁”阵营时杨洪森再次予以回绝，他现在还没有打算与袁世凯翻脸。
1914年11
杨洪森开始对五省土地改革情况进行摸底。同时，将工作的重点由农业转向经济发展。在兼顾钢铁，制造业的同时，大力发展纺织、面粉、火柴三大产业。当然杨洪森最狠的就是对金融市场的入侵，中国银行、交通银行都是杨洪森重点侍侯的对象。
1912年孙中山成立临约政府后对原大清银行进行改组，筹建了中国争胜地，实际作为革命军筹措军饷之用，大革命失败后北洋政府接手，总行迁至北京，此时的中国银行是官商合办的股份制银行。
杨洪森利用恒生银行恶意收购中国银行股权，同时增加1，000万元“商股”最终达到持股51%的目标。在对付始建于1907年交通银行时，杨洪森使用同样的手法，完成了持股51%的目标，为此其顺利地将交通银行、中国银行制于他的控制之下。至于其名下的恒生银行此时以总资本近1。5亿元成为中国最大的商业银行。
杨洪森这个时候陆续将自己的资产作为特殊“
费”纳入社会人民产之中，杨洪森的行动让他在内的声望达到了一个新的高峰。其中铁路公司、马尾船厂、兵工厂、机械制造厂等一些“革命时期”个人创办的企业，及其个人存款856万元，都被其捐献了出来。“我们正处在一个新的时期，面临着新的机遇，我
同志应同心协力，实现革命的伟大胜利。”杨洪森虽说出了不少血，但是他未伤及根本，其手中还有银行，还有航运公司，还有军火公司，还有大片的地产，另外他在美国的那几家公司都是非常有前途的。当然，这些还不包括其在美国股市上的钱。
其捐款与他的总资产实际不能成正比。不过这些捐款在众人的眼的确是一笔天大地巨款，
无数的革命者们都称他为“中国最无私的革命家。”
这让杨洪森比孙中山更伟大，孙中山干了一辈子还是一个穷人，但是我们的领袖革命数年，一下就捐了数千万元，
内的同志开始积极向领袖学习，学习他的“无私”和“一心为。”